Il territorio comunale di Monte San Pietro è stato abitato sin dal 2500 a.C., come dimostrano i ritrovamenti archeologici di San Martino in Casola che testimoniano la presenza di popolazioni eneolitiche o dell'Età del Rame. Altri manufatti ritrovati a Pradalbino possono essere attribuiti alla prima Età del Ferro, mentre tombe a cremazione scoperte a sud del Monte Avezzano sono attribuibili alla civiltà villanoviana (7 sec. a.C.). Altri ritrovamenti di tombe con ricchi arredi funerari, ora depositati presso il Museo Civico Archeologico di Bologna, sono tipiche della civilità etrusca (VI-IV sec. a.C.).

Le tribù celtiche dei Galli Boi, insediate sul territorio dopo l'invasione dei Celti (metà del IV secolo a.C.) che interruppe il fiorire della civiltà etrusca, non hanno lasciato tracce visibili. L'insediamento definitivo sul territorio avvenne ai tempi della calata dei Longobardi nel 568 d.C. : per difendere i territori dell'Emilia orientale dagli invasori, i Romani crearono una linea difensiva che comprendeva anche "Verabulo", antico nome di un centro abitato oggi localizzabile in San Lorenzo in Collina. Sin da quei tempi perciò la zona assunse un'importanza particolare dal punto di vista militare e strategico, configurandosi in un insieme di alture, ponti, roccaforti costruite allo scopo di prevenire attacchi di sorpresa, rompere la compattezza dell'ondata d'attacco, disturbare gli eventuali appostamenti dei nemici. La fisionomia del territorio si é quindi costituita nel corso dei secoli con il moltiplicarsi, fino all'anno Mille, di svariati castelli, rocche, borghi rurali.

In seguito alle invasioni barbariche il territorio del nostro comune diviene quindi il confine tra due stati e civilità : Longobardi e Bizantini. I primi finirono per conquistare definitivamente il territorio, che dominarono fino all'arrivo dei franchi; i quali a loro volta consegnarono Bologna e i territori circostanti al Papa per essere amministrati. La struttura civile e sociale del regno longobardo è tuttavia sopravissuta a lungo, saldandosi con l'organismo ecclesiastico.

Il territorio fu coinvolto successivamente nelle secolari dispute tra Bologna e Modena e fu governato da nobili locali. Tra questi ricordiamo i conti di Panico e i conti dell'Amola, i Cattani, vassalli di Matlide di Canossa nella sua veste di contessa di Modena. A loro si affiancava una lunga serie di nobili minori; i reggenti avevano generalmente il centro del loro potere a Rocca Masenata, la cui chiesa parrocchiale (San Giovanni Battista), che fu unita a quella di Monte San Pietro nel 1388, è ancor oggi la sede parrocchiale del capoluogo comunale. Lo stesso castello di Monte S. Pietro è assai antico : se ne ha menzione per la prima volta nel gennaio del 1155 in un decreto di Gerardo, vescovo di Bologna. E' pure ricordato in un breve di Gregorio VIII del 16 novembre 1187. Inserito a partire dal Trecento nel vicariato di Savigno, in un documento dell'epoca si ha per la prima volta menzione di "Monte Sancti Petri", che assicura l'anzianità della dedica del "Monte" al Principe degli Apostoli. In seguito il vicariato veniva diviso in due, con la nascita del vicariato di San Lorenzo in Collina, nel quale venne aggregato il comune di Monte San Pietro. E' in questo periodo sino alla metà del 16° secolo che si afferma la forza economica dei Comuni di San Lorenzo in Collina, Monte San Giovanni, Mongiorgio e Montemaggiore, che proprio nel 16° secolo diventano dipendenti dal Capitanato della Montagna di Bazzano.

L'attuale struttura amministrativa trae origine dal riordinamento attuato dalle autorità napoleoniche all'inizio del secolo passato : in questo periodo vennero cositutiti i comuni di San Chiellaro, L'Amola, Monte San Giovanni, Pradalbino. Nel 1810 si ebbe un nuovo
ordinameno, per effetto del quale si costituì il comune di Monte San Pietro,al quale furono aggregati Mongiorgio, Monte San Giovanni, San Chierlo, Pradalbino, San Martino in Casola e Montemaggiore. Al comune di Savigno vennero invece assegnati Gavignano, Ronca e Montesevero, che successivamente passarono al nostro comune. E' nel 1859 che termina la plurisecolare sovranità della Chiesa sulla città : dopo pochi mesi il comune passa, per effetto di un plebiscito in Emilia, sotto la sovranità del neonato Regno d'Italia.

Dopo le gravi difficoltà create da un grave terremoto nel 1929, il comune non viene esentato dal pesante ventennio fascista, che chiese un tributo di vite umane ricordate dal bassorilievo di Sergio Cremonini oggi inserito nel complesso monumentale "Il Luogo della Memoria" nella piazza antistante il Municipio.