Savigno fu abitata già dalla preistoria, come dimostrano i reperti villanoviani rinvenuti sul suo territorio.
Anche in età romana la zona di Savigno era abitata, come testimoniano vari toponimi riconducibili a prediali romani, come Merlano e Rodiano. Lo stesso toponimo Savigno viene ricollegato a un fundus Sabinus o Sabinianus, appartenuto ad una gens Sabinia. Altri pensano derivi da Sabo o Sabio, uno dei nomi con cui veniva indicato Bacco, antichissima dinità campestre. La Valle del Samoggia fu a lungo contesa tra Bologna e Modena e teatro di scontri e battaglie. Un tempo tutta l'area era ricca di fortificazioni di cui restano solo testimonianze scritte: un castello si trovava sul colle che sovrasta la chiesa di Samoggia, un altro si trovava nell'attuale frazione di Rodiano, di proprietà della contessa Matilde di Canossa (le cronache riportano che resistette nel 1332 all'assalto dei Modenesi), il castello di Savigno sorgeva dove venne poi costruita la parrocchia di Santo Stefano, anch'essa successivamente scomparsa.
Fin dall'inizio del secolo XII, Savigno fu sottomesso a Bologna e governato da un visconte, che deteneva la giurisdizione civile, mentre a capo della comunità stava un massaro, a conferma della natura agricola della zona.
Savigno è passata alla storia anche per il suo moto insurrezionale del 15 Agosto 1843, quando alcuni patrioti affiliati alla Giovine italia si ribellarono al governo pontificio.
La repressione fu durissima: 116 cittadini furono sottoposti a giudizio e 19 condannati a morte. In paese un obelisco in arenaria, progettato e scolpito da Tullio Golfarelli, commemora l'evento.
Dopo la prima guerra mondiale, il paese ha iniziato a sviluppare le vie di comunicazione completando le strade per i Bortolani e Montombraro, consolidando ponti sul Samoggia, introducendo l'illuminazione del paese, sopraelevando le case e costruendo nel 1932 il Palazzo Comunale.
Eretto su disegno di M. Ruffo, è stata l'opera più importante per manodopera impiegata, per le dimensioni e per investimento economico; era una struttura per la comunità all'avanguardia, per il periodo, presentando 40 ambienti destinati non solo all'esercizio amministrativo (uffici comunali, archivio, sala consiliare, appartamento del segretario e cantine con la centrale termica ed il deposito delle attrezzature comunali) ma anche per le attività socio-sanitarie e culturali del paese: le scuole, l'ambulatorio e la sala-teatro con stucchi e decorazioni. Durante la seconda guerra mondiale, con la Linea Gotica che ne attraversava i crinali, Savigno fu teatro di duri scontri.
Dopo il secondo conflitto mondiale il paese è stato ricostruito ed ampliato con nuove strade e servizi, e pur mantenendo nel tempo la sua tradizione contadina e promuovendo la sua immagine turistica.